В состязаниях класса MX2 нельзя расслабляться. Ведь даже самые незначительные улучшения могут дать значительное преимущество, если они собраны воедино. В 2016 году компания Honda провела комплекс улучшений двигателя и подвески CRF250R, базируясь на опыте гоночной команды HRC, неделя за неделей состязающейся в классе MXGP на высочайшем мировом уровне.
Основные улучшения CRF250R сфокусированы вокруг головки цилиндра, поршня и шатуна. В результате пиковая мощность двигателя повысилась без потери крутящего момента в остальном диапазоне и отзывчивости на поворот рукоятки акселератора. Фактически же выросла не только мощность в диапазоне высоких оборотов, но и крутящий момент в зоне низких оборотов. В выпускную трубу теперь встроен резонатор, а двойной глушитель получил модернизированную конструкцию. Также изменили и воздушный фильтр для улучшения прохождения через него потока воздуха.
Передняя вилка Showa SFF-TAC-Air не только изменилась внутри, но и стала на 5 мм длиннее в верхней части, чтобы улучшить сцепление колеса с трассой, отзывчивость, настраиваемость и чувствительность. Настройки заднего амортизатора приведены в соответствие с измененной передней вилкой. Среди других изменений в мотоцикле можно отметить уменьшение диаметра ролика натяжителя цепи главной передачи и подножки, лучше очищающиеся от грязи.